Zarządem Miejskich Inwestycji Drogowych kieruje Dyrektor powoływany i odwoływany  przez Prezydenta m.st. Warszawy.

W dniu 16.03.2018 r. Zarządzeniem Nr 287/2018  Dyrektora ZMID został wprowadzony REGULAMIN ORGANIZACYJNY ZARZĄDU MIEJSKICH INWESTYCJI DROGOWYCH.